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  • 刘超 ( 医工百人特聘副研究员 )

    的个人主页 http://shi.buaa.edu.cn/liuchao10509/en/index.htm

  •   医工百人特聘副研究员   博士生导师   硕士生导师

蛋白质组学与生物医学大数据分析


【致报考学生】


Q:请问课题组的研究方向是?


我们研究蛋白质鉴定、定量算法及相关软件开发与应用,相关工作发表在Nature Biotechnology、Nature Communications等期刊上,并获得中国计算机学会的技术发明一等奖。


先举两个例子。一、人脸识别问题:照相机拍一张人脸的图片,要求快速、准确地在一个较大人脸图片库中找到和该图片最接近的图片。二、web搜索:用户输入一个关键词,要求快速、准确地在一个较大的网页库中找到和该关键词匹配最好的网页。与以上两个问题类似,我们研究的问题是:一台专用的仪器(质谱仪)采集一张蛋白质的图谱,要求快速、准确地在一个较大蛋白质谱图库中找到和该图谱最接近的图谱。这里面主要应用统计机器学习、模式识别和组合优化知识,核心问题是打分评价和并行加速。


上述研究内容想解决的科学问题是:在大规模的生物或医学样本中检查蛋白质生物标志物。关于该科学问题的应用细节,大家可以百度“bad blood”(滴血成金)。虽然Elizabeth Holmes是一个“骗子”,但她的经历证明了人类对于该研究成果的渴求是长期存在的。


仅仅靠生物和医学领域中的生化实验技术是不可能解决上述科学问题的,因为生化实验通量太低,消耗人力成本和试剂成本太高。只有将生物和医学信息数字化(采集海量质谱数据),而后使用大数据和人工智能技术来解析和挖掘这些(质谱)数据,才有可能解决上述科学问题。


Q:请问课题组招收什么专业的学生?


先回答毕业去向:刘老师本硕博都是计算机专业,他大部分同学在各互联网公司领导团队,之前大部分师弟、师妹和学生毕业也去了互联网公司,现在逐步成长为技术骨干。另有一些同学走了科研道路,如他发表的第一篇SCI的几个作者,先去美国读博后,而后回国,现在也都是博导PI。所以本课题组学生的毕业去向主要是:(1)去互联网公司;(2)继续搞学术。


以下几种背景的学生都非常适合报考本课题组:

(1)计算机或涉及编程专业的本科毕业生,计划来读硕士或博士学位,毕业后去互联网公司或出国读博后的。这是通常计算机专业学生的发展道路,本课题组的优势是学生来了主要是发文章,所以有更大的机会走学术道路,未来当老师。

(2)有一定生物信息学背景的硕士毕业生,对算法、编程等略懂但不精通,计划来读博士学位,毕业去互联网公司或去国外读博后的。本课题组是按计算机专业的范式来培养学生的计算技术,所以学生收获会比较丰富、基础相对扎实,足够应对BAT等互联网公司的面试。如果计划毕业后去国外读博后,对同等在生物实验室搞计算的同学会有一定的技术优势,更容易拿到国际顶尖实验室的offer。

(3)国内外蛋白质组学实验室的硕、博士毕业生,对某个具体课题感兴趣并有一定生物质谱技术积累,计划来课题组补充计算技术,完成整个流程,发表顶尖文章,为未来发展学术打基础。对该类同学来说,我们是领域小同行,你肯定是知道刘老师、并认可该方向才会报考的。

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