王晋军教授是飞行器空气动力学和实验流体力学专家，长期从事飞行器复杂流动机理与控制的研究，发明了复杂流场测量的新技术，发现了边界层旁路转捩的新模式，提出了分离流动控制的新方法，研究成果已应用于我国多个型号气动外形选型实验及优化、增升减阻流动控制等。

王晋军教授是国家杰出青年科学基金获得者、教育部“长江学者”特聘教授、国家自然科学基金创新研究群体学术带头人。发表期刊论文300余篇，其中SCI收录180余篇，连续入选爱思唯尔中国高被引学者榜单，国际会议邀请报告10余次，获国家级奖项一项，省部级奖项六项。

王晋军教授是第一位担任Experiments in Fluids、Journal of Aircraft副主编的中国学者，并担任Theoretical and Applied Mechanics Letters、实验流体力学、气体物理的副主编及中国科学-技术科学（中英文）、Acta Mechanica Sinica、Chinese Journal of Aeronautics、空气动力学学报等编委。两次应邀为Progress in Aerospace Sciences撰写综述文章，应邀撰写的专著“Flow Control Techniques and Applications”是中国第一部入选剑桥大学出版社航空航天系列丛书的著作，多次担任国内外学术会议主席以及兼任多个国内外学术组织的指导委员。